經過乾式或濕式加工後之生咖啡豆尚需進行一系列的後續處理,才能符合保存或出口交易上的條件,這些後續加工分述如下:
重新乾燥: 不管是乾式或濕式加工,所得之初級生咖啡豆的乾燥度通常都不足,需要重新加以乾燥,使水分確實降到11~12﹪,使易於脫殼或去膜。
   
      清  潔: 乾燥的含膜生咖啡豆及部分乾燥之咖啡果實仍含有許多雜質,如石頭、金屬片及其它外來物質。這些雜質都應加以去除,以免損傷後續的加工設備。生咖啡豆可以經由漏斗通過篩網,去除大型雜物及中型不純物,再用磁鐵吸取金屬片,最後再用風選機分離其他雜質。
   
       脫殼及脫膜: 在濕式法加工生豆中,外殼及圍繞生豆之乾燥外膜都需要立即去除之,乾式加工之生豆要進行脫殼,若要完全去除銀白色外膜,則需要以精磨機拋光處理。
   
       大小分級: 不同大小之生咖啡豆有不同的等級及售價,因此需要進行分級。一般而言,顆粒較大的生豆較值錢,顆粒大小較整齊者也較好,將形狀不同的生豆,如扁平豆及半圓豆加以分離,有助於使後續密度選別更為容易,更有助於未來烘焙之均勻性,也有助於咖啡質量之提升。
   
       密度選別: 主要利用風選或重力分離的方式,將比重較輕之變形、變色或有病蟲害之生豆加以分離。
   
        顏色選別: 變色的生豆通常利用電眼來加以選別。
   
        保  存: 在 生產國當地之生咖啡豆的保存,不是以乾燥果實就是以乾燥含膜生豆的方式來保存。帶殼之咖啡果實因帶有外殼,可提供良好的保護,可避免昆蟲及水分入侵。生咖 啡豆在進行保存時之水分含量不應超過12﹪在此水分含量之下,可將黴菌的生長及酵素的活性降至最低。當空氣的相對濕度超過74﹪時,無害的黴菌 會開始生長,在濕度達到85﹪以上時, 酵母菌及細菌可開始繁殖,因此保存時間之長短,端視保存濕度及溫度而定。保存過程中會生成一些生物化學反應,結果生成變色作用,其詳細之化學變化專家們至 今尚未完全明瞭。